Las obras realizadas en la iglesia de San Xoán do Alto en 1993 -que implicaron la retirada del retablo ahora objeto de polémica- supusieron también la pérdida de otro de sus elementos característicos: sus pinturas murales.
Los frescos se encontraban sobre el altar mayor y a un lateral; de hecho, en el sitio en el que ahora se ha colocado la pieza restaurada por José Rozas y José Manuel Teijeiro. La controversia en torno al trabajo de estos dos hombres ha sacado ahora a la luz imágenes previas a las obras del 93 en las que se pueden ver las pinturas. No está claro, sin embargo, si esos murales son los originales (que datarían del siglo X u XI) o si éstos desaparecieron en una reforma del siglo XVIII y las de las fotografías son, en realidad, posteriores.